Da Du sagst die Vibration kommt von hinten und es ist weg wenn Du bei der Fahrt die Kupplung trittst, würde ich mir an deiner Stelle mal das Mittellager der Kardanwelle genauer anschauen. Dieses sollte wenn Du die Kardanwelle auf Höhe vom Lager bewegen (hoch/runter/links/rechts) willst nur geringes Spiel in alle Richtungen aufweisen. So circa 5 mm mehr sollte es nicht sein. Eventuell kannst Du auch mal die Welle drehen und merkst dabei einen rauen Lauf vom Lager selbst. Dies ist aber nicht gerade einfach zu beurteilen, da Du ja hierbei den gesamten Antriebsstrang mit bewegst. Wenn Du dann schon an der Kardanwelle bist überprüfe auch den Zustand der Hardyscheiben vorne und hinten. Diese sollten keinerlei Rissbildung oder sonstige Beschädigungen aufweisen.
Gruß Thomas