Hallo,
eine Möglichkeit ist noch, dass du einen Popup-Blocker verwendest, welcher die aufgerufene Seite fälschlicherweise schließt. Vielleicht hast du auch unbemerkt einen solchen Blocker installiert (mit einem anderen Programm zusammen) !
Ansonsten checke doch mal die Einstellungen des IE bzgl. Java. Ist dort die VM aktiviert?
MfG Stefus